Το μουσείο της Σκύρου ιδρύθηκε το 1963 και εγκαινιάστηκε δέκα χρόνια αργότερα για να στεγάσει τα αρχαιολογικά ευρήματα που μαρτυρούν τη μακραίωνη ιστορία του νησιού.
Η Σκύρος κατοικήθηκε από τη νεολιθική εποχή (5500-2800 π.Χ.) όπως μαρτυρούν τα λείψανα που έχουν βρεθεί σε διάφορες περιοχές στο νησί. Ακμάζει κατά την πρώιμη εποχή του χαλκού (2800-1900 π.Χ.) και φτάνει στο απόγειο της ακμής της κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο (1650-1100 π.Χ.). Σημαντική εμφανίζεται η Σκύρος και στα γεωμετρικά και στα αρχαϊκά χρόνια. Το 475 π.Χ. κατακτάται από τους Αθηναίους και το 323/22 π.Χ. περνάει στα χέρια των Μακεδόνων. Το 197 π.Χ. την κατέλαβαν οι Ρωμαίοι. Από το 2ο αι. μ.Χ. εξαπλώνεται στο νησί η Χριστιανική θρησκεία.
Στις δύο αίθουσες του Μουσείου εκτίθενται ευρήματα που προέρχονται από αρχαιολογικές θέσεις στο νησί και χρονολογούνται από την πρωτοελλαδική περίοδο (2.800-1900 π.Χ.) έως τα ρωμαϊκά χρόνια.
Χαρακτηριστικά αγγεία είναι το κυπριακής καταγωγής φλασκί, η αττική γεωμετρική πυξίδα με ολόγλυφα ιππάρια στο πώμα και το ζωόμορφο ρυτό (τελετουργικό αγγείο) σε σχήμα ίππου.