To Πέραμα είναι το κεφαλοχώρι της κοιλάδας του Μυλοποτάμου, που είναι κατάφυτη με οπωροφόρα δένδρα και αμπέλια. Το χωριό βρίσκεται ανατολικά από το Ρέθυμνο, στο 24ο χλμ. του παλιού δρόμου Ρεθύμνου - Ηρακλείου.
Είναι χτισμένο στην αριστερή όχθη του Αυλοπόταμου, όπου υπήρχε πέραμα, δηλαδή διάβαση ποταμού (εκεί που είναι σήμερα η γέφυρα), που συνέδεε το χωριό με το Μελιδόνι και το Πάνορμο.
Στο Πέραμα κατοικούσαν οι πιο αιμοβόροι και πιο άγριοι τούρκοι του Μυλοποτάμου, γι αυτό έλεγαν το χωριό Πέραμα και "Πόρο του Χάρου" και του Σατανά. Εκεί παραμόνευαν οι τούρκοι τους περαστικούς χριστιανούς για να τους ληστέψουν και να τους υποβάλλουν σε αφάνταστα βασανιστήρια πριν τους σκοτώσουν.