Στο Ρέθυμνο σώζονται αρκετά τζαμιά με σπουδαιότερα τα παρακάτω:
α) Βελή Πασά
Βρίσκεται στη συνοικία Μασταμπάς, κοντά στον παλιό σταθμό των υπεραστικών λεωφορείων. Γύρω από το τζαμί υπήρχε "τεκές", τούρκικο δηλαδή μοναστήρι, από το οποίο διασώζονται 13 συνεχόμενα κελιά των μουσουλμάνων μοναχών (των γνωστών "δερβίσηδων").
β) Νεραντζές
Πριν γίνει τζαμί, ήταν η καθολική εκκλησία Santa Maria. Ξεχωρίζει ο μιναρές του που χτίστηκε το 1890 και εντυπωσιάζει τόσο για το ύψος του, όσο και για τη μεγαλοπρέπειά του.
γ) Καρά Μουσά Πασά
Στα χρόνια της βενετοκρατίας λειτουργούσε στο χώρο αυτό μονή, αφιερωμένη στο όνομα της Αγίας Βαρβάρας. Οι τούρκοι μετέτρεψαν το μοναστήρι σε τζαμί στο όνομα του Καρά Μουσά Πασά, που ήταν διοικητής των τουρκικών ναυτικών δυνάμεων που κατέλαβαν το Ρέθυμνο.
Το τζαμί βρίσκεται στη συμβολή των οδών Αρκαδίου και Ουγκώ.
δ) Μεγάλης Πόρτας
Το τζαμί χτίστηκε στα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας και είχε αφιερωθεί στη Βαλιδέ Σουλτάνα, μητέρα του Σουλτάνου που κατέκτησε την πόλη. Βρίσκεται στην παλιά πόλη, μεταξύ των οδών Δημακοπούλου και Τοπάζη.