Το Μουσείο στεγάzεται στο τετραώροφο μεγαλοπρεπές κτίριο, παραδοσιακής, Μακεδονικής αρχιτεκτονικής των χρόνων της Τουρκοκρατίας. Το κτίριο είναι ιδιοκτησία του Συνδέσμου και ανηγέρθηκε κατά τα έτη 1980 - 1983. Διαθέτει κλιματισμό, συστήματα συναγερμού και πυρασφάλειας, κλειστό κύκλωμα τηλεόρασης και φωτισμό με λάμπες φθορίου. Στους υπόγειους χώρους στεγάζονται οι συλλογές Φυσικής Ιστορίας και στους τέσσερεις ορόφους εκτίθενται οι συλλογές του Ιστορικολαογραφικού τμήματος.
Το Μουσείο ιδρύθηκε κατά το έτος 1969 και εγκαινιάστηκε επίσημα τη 10η Οκτωβρίου 1987. Νέο κτίριο διώροφο κατ' επέκταση του πρώτου ανηγέρΘηκε το έτος 1993 για την στέγαση των ιστορικών κειμηλίων, της Πινακοθήκης, της συλλογής γραμματοσήμων και του φωτογραφικού τμήματος.